ウィルスや細菌を攻撃の手段とする考えは紀元前からあり、実際使用されることもあったが、いずれの場合もこれまでの経験から病気になると考え使用したものであり、科学的な手法に基づくものではない。ウィルスや細菌を人工的に培養して攻撃の手段としての使用を考えるようになるのは20世紀に入ってからである。
ただし、見方によっては変わる。例えば、中世の包囲戦において包囲下にある城・都市にペストなどの感染症による死者の遺体を投棄し、感染症の発生を狙ったこと、また18世紀北アメリカのフレンチ・インディアン戦争で、英国軍が天然痘患者の使用した毛布をインディアンに配布。インディアンの患者の半数が死亡した。天然痘は、患者の使用した物品からも感染することがあり、それを狙ったのである。
また、国際法により生物兵器の製造、貯蔵は禁止されていたため表だった開発はされていないが、冷戦期には一部の国で極秘に生物兵器が開発されていたというのは公然の秘密となっている。とはいうものの前述の通り、兵器として使うには実効性に問題があり、化学兵器のように大規模に使用されたことはない。
それでも生物兵器の保有を目指す、テロ組織が絶えないことから先進国の軍隊では対生物兵器部隊を保有する場合が多い。
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生物兵器に対する最も有効な対応は、兵器として使用する可能性のある国家、組織に生物兵器を保有させないことである。そしてもし生物兵器が使用された場合には感染の拡大を防ぐため、患者の隔離と治療を行う必要がある。
生物兵器は従来より戦争で使用する兵器としての保有は生物兵器禁止条約で禁止されているが、実際のところそれが国際的に遵守されていたとは言い難い。
また研究目的で個人が保有することは多くの国で可能であったため、近年までテロリズムに対しては十分な対応ができていなかった。
生物兵器の大きな転換期となるのは1995年の地下鉄サリン事件で、この事件を受け、世界的に生物兵器の保有に関する法体制の整備が進んでいる。
特にアメリカは2001年に炭疽菌を使用したテロが発生しており、生物兵器の保有、使用に関する法整備はいち早く行われた。
日本ではオウム真理教による一連の事件により、化学兵器に関する法律は整備されたが、生物兵器については野放しの状態で、近年になってようやく生物兵器の所持に関する法律の整備に乗り出したところである。 自衛隊は対バイオハザードのための訓練もよく行う。